从植物学和木材学角度来看，檀香紫檀和檀香是毫无关联的两个种，但人们常在名称上将二者混淆。在心材颜色、纹理、木材香味、油性、药性、功用等方面二者区别非常明显，可以据此作为判断。

　　1，心材颜色

　　檀香木：最初为淡褐色，历久后，颜色转为黄褐色、深褐色至红褐色。

　　檀香紫檀：初为橘红色，历久后，颜色为深紫色或黑紫色。

　　2，纹理

　　檀香木的纹理直至交错，檀香紫檀的纹理交错。

　　3，香气

　　檀香木的香气浓烈，檀香紫檀无香气。

　　4，油性

　　檀香木有油性，檀香紫檀无油性。

　　5，药性

　　檀香木的药性温和、味辛辣，檀香紫檀性微寒、味咸。

　　6，功用

　　檀香木：理气、和胃；檀香紫檀：消肿、止痛。